Pode o Município se negar a emitir a guia de ITBI em razão de débitos do contribuinte com o IPTU?

Não pode. Isso configura “sanção política”, sem qualquer lastro em lei.

Ao contrário, essa conduta é inconstitucional, conforme vem entendendo tranquilamente o STF, podendo ser citada a respeito a sua súmula 70.

Existem as vias legais para a cobrança do IPTU, quais sejam: protesto extrajudicial, inscrição na Serasa e SPC, execução fiscal e termo de exclusão do Simples Nacional para as empresas optantes pelo regime.

Portanto, negar o direito ao contribuinte de quitar um tributo por estar devendo outro é inconstitucional e imoral, além de inconveniente do ponto de vista arrecadatório.