Existem contribuintes, tais como as instituições religiosas, que poderiam universalizar os seus CNPJ (matriz e filiais) em uma única inscrição municipal, ainda que fossem emitidos diversos alvarás (um para cada unidade). Isso é legal? Ou se fazem necessários cadastros fiscais independentes?

Tem que ver o que a legislação municipal exige.

Contudo, essa solução de um único cadastro fiscal no Município para todas as unidades de um mesmo contribuinte, sem dúvida, prestigia a desburocratização e a eficiência.

Assim, se a norma municipal não prevê tal unicidade, convém alterá-la para então determinar uma inscrição municipal centralizadora.