Nas hipóteses em que o ICMS e o ISS são recolhidos fora do Simples Nacional, pode a ME ou a EPP desconsiderar as receitas referentes a esses impostos quando do preenchimento das informações no aplicativo de cálculo?

Não. Todas as receitas deverão ser informadas no aplicativo de cálculo disponível no portal do Simples Nacional (PGDAS-D), sendo que ele irá efetuar os devidos ajustes no que se refere aos percentuais relativos ao ICMS e ao ISS dessas receitas, de acordo com as informações prestadas pelo contribuinte (se possui ou não substituição tributária, retenção, antecipação com encerramento de tributação, etc.).