O reconhecimento da imunidade de IPTU dos templos religiosos é condicionada à regularização do alvará de funcionamento?

Não, a imunidade não está condicionada à licença para o funcionamento.

O Município pode exigir o alvará das igrejas, multá-las inclusive por qualquer irregularidade em relação ao mesmo ou ao cadastro fiscal, mas isso não impede o acolhimento da imunidade tributária.

Para que a imunidade seja deferida, basta que o fisco requisite a contabilidade da entidade e comprove que se trata de uma autêntica igreja, sem finalidade lucrativa.