Os regimes especiais de tributação das ME e das EPP próprios da União, dos Estados e dos Municípios continuam em vigor a partir de 01/07/2007?

Não. Os regimes especiais de tributação para ME e EPP próprios da União, dos Estados, do Distrito Federal e dos Municípios, tais como o Simples Federal, o Simples Candango (do Distrito Federal), etc. cessaram a partir da entrada em vigor do Simples Nacional (Constituição Federal, ADCT, art. 94).