Em 2021, um contribuinte foi excluído do Simples Nacional com data retroativa de 31/12/2018, por força de decisão judicial. O ISS foi recolhido até 12/2020, mas a alíquota praticada pelo Município é maior do que a alíquota prevista pela legislação do Simples Nacional. Pergunto se posso cobrar o valor da diferença de alíquota no período de 01/2019 a 12/2020, uma vez que a exclusão foi retroativa?

Não só pode como deve cobrar a diferença de alíquota no período de 01/2019 a 12/2020.

Se a empresa foi excluída do Simples Nacional com data retroativa de 31/12/2018, deverá recolher todos os tributos de acordo com as legislações ordinárias dos entes tributantes, incluindo o ISS.

Sobre as diferenças de alíquotas deverão ainda ser aplicados os encargos moratórios previstos na legislação municipal.