É possível ter 2 (duas) inscrições municipais de autônomo (CPF/pessoa física), em endereços distintos no mesmo município, com a mesma atividade?

Sim, é possível, diante do princípio da autonomia do estabelecimento.

Nessa linha, cada estabelecimento pode gerar um número diferente de inscrição municipal, tenha como titular a mesma pessoa jurídica ou física.