Em relação à denúncia espontânea de ISS, seria esta possível pela diferença de alíquota devida em relação à efetivamente declarada?

Seria totalmente possível, desde que oferecida antes do início de qualquer procedimento fiscal, uma vez que o fato denunciado dependeria de uma apuração fiscal para que fosse conhecido, o que se amolda tranquilamente à regra do art. 138 do CTN.