Quando se trata de contribuinte que é responsável por reter ISSQN na fonte, em caso de não retenção ou não repasse do valor retido ao município, caberá de auto de infração via simples ou será pelas regras municipais?

Nesse caso, o auto será lavrado contra o substituto tributário, de acordo com as regras previstas na legislação municipal.

No caso de empresa que já deu baixa na Receita Federal, será possível utilizar o domicílio tributário eletrônico para fazer intimações referentes a ações fiscais e receber ciência do auto de infração? Se não, como fazer para obter a ciência do contribuinte nesse caso?

Não será possível utilizar o DTE do Simples Nacional para as empresas já baixadas. Pode enviar a notificação tradicional mesmo, pelo correio.

Aliás, pelo menos até o momento, não existe no DTE a notificação do AINF. Destarte, mesmo se a empresa estivesse ativa, não seria possível notificá-la do AINF pelo recurso eletrônico.