Se a “Notificação para Autorregularização” for por meio do DTE-SIMPLES NACIONAL, nos termos da LC 155/2016, deverá obrigatoriamente fazer todo o processo fiscalizatório por meio do SEFISC?

Não. Mesmo enviando a notificação para a autorregularização via DTE-SIMPLES NACIONAL, você poderá fazer o auto fora do SEFISC. Não há vinculação entre tais ações.